Flora
A maior parte do território do PNOST é caracterizada para uma densa cobertura florestal. A maioria da área actual do parque coincide de forma geral com a Floresta Húmida Primária “Obô”. O símbolo da flora do parque é a Begonia gigante, que pode ultrapassar os 5 metros de comprimento.

A estrutura vegetal do parque pode ser resumida na forma seguinte:
Floresta de neblina
Esta floresta circunda as regiões nos arredores do Pico de São Tomé e do Pico Pequeno. Estas formações são caracterizadas pela presença de Podocarpus mannii (Pinheiro de São Tomé), a única gimnospérmia endémica do arquipélago, de Phylippia thomensis e de Lobelia barnsii (lobélia gigante). As orquídeas, fetos, musgos e líquenes também são frequentes.

Floresta de altitude > 1800 e < 2000m
Circunda a zona de Mesa do Pico, Pico Ana Chaves e caracteriza-se por apresentar pluviosidade muito elevada, com nevoeiro quase constante, temperatura constantemente baixa, para o contexto climático são-tomense, embora não atinja os 0°C. As árvores são muito baixas e as epifitas númerosas.

Floresta de altitude > 1000 e < 1800m
Esta formação vegetal de montanha circunda o Pico Cabumbé, instaurando-se na zona de transição gradual entre os limites dos cultivos e as zonas de floresta densa; aqui as variações de temperatura médias são mínimas, enquanto a pluviosidade e a humidade relativa aumentam. Esta vegetação é bastante conservada e é caracterizada por (Oliveira, 2002):
um número relativamente alto de espécies num espaço muito limitado;
a preponderância de Rubiaceae e Euphorbiaceae;
a ausência ou baixo número de Fabaceae e Asteraceae;
a abundância de epifitas, particularmente de Orchidaceae e de Musgos.

Nesta formação vegetal, pode-se incluir, a cratera de Lagoa Amélia, caracterizada por uma formação turbosa muito particular. Localizada na cratera dum antigo vulcão, a vegetação está constituída por um manto herbáceo bastante denso, em que predominam gramíneas tais como Panicum hochstetteri e Panicum brevifolium, que são plantas invasoras de zonas húmidas da África Equatorial, algumas ciperáceas, tais como a Cyperus articulatus e Poligonum salicifolium. Existe também uma população de fetos (Pteridófitas), da família das Polipodiáceas e Hymenofoliáceas, que são fetos gigantes, muito abundantes e característicos da região. Finalmente, podem ser também encontradas algumas orquidiáceas, tais como o Bulbophyllum cocleatum.

Flora de Praia das Conchas e Lagoa Azul (Zona Norte)
Trata-se de zona de clima de semi-árido, ou árido, com precipitações inferiores aos 700mm/ano, atingindo mesmo aos 500mm/ano e uma temperatura média que ronda os 26°C. As espécies arbóreas e arbustivas que concorrem na caracterização desta formação como: Adansonia digitata (micondó), Borassus aethiopum (ulua), Erythroxyllum emariginatumo (libo), Psidium guajava (guéva), Tamarindus indica (tamanha), Vernonia amygdalina (mucambú), Ximenia americana (limonplé) e Ziziphus abissinica (zimbrão) (Oliveira, 2002). A vegetação herbácea é dominada por Heteropogon contortus, Panicum maximum e Rottboellia exaltata, mas o panorama florístico contempla também espécies botânicas que fazem parte de agrupamentos halófilos de Avicennia germinans e Rhizophora racemosa. Nas zonas em que o grau de salinidade é menos acentuado, encontram-se Dalbergia ecastaphyllum, Erythroxyllum emarginatum e Hibiscus tiliaceus (Oliveira, 2002).

Mangal de Malanza (Zona Protegida no Sul da Ilha de São Tomé)
É o mangal mais extenso do País.
Os Mangais são geralmente influenciados das contínuas oscilações de salinidade provocadas pela intensa evaporação e das chuvas tropicais e têm uma função importante na protecção dos peixes nas primeiras fases do seu desenvolvimento e no controlo da erosão costeira.
A vegetação é dominada por duas espécies, nomeadamente: Avicennia germinans e Rhizophora mangle. A vegetação caracteriza-se também para a abundância de Acrostichum aureum e dalgumas cyperaceaes.








